Επειδή ο Αιγέας δεν είχε παιδιά παρά τις προσπάθειές του, πήγε στο Μαντείο των Δελφών και πήρε ένα δυσνόητο χρησμό. Επιστρέφοντας στην Αθήνα σκέφθηκε να περάσει από το φίλο του βασιλιά της Τροιζήνας Πιτθέα, ο οποίος τον φιλοξένησε. Ο Αιγέας του ανέφερε τον χρησμό, οπότε ο Πιτθέας, κατανοώντας το νόημά του, μεθά τον Αιγέα και τον ρίχνει στο κρεβάτι της κόρης του Αίθρας, αποσκοπώντας έτσι να γίνει παππούς του διαδόχου του αθηναϊκού θρόνου. Το πρωί, όταν ο Αιγέας συνήλθε από το μεθύσι του δίπλα στην Αίθρα, την έπεισε να του υποσχεθεί ότι αν αποκτούσε απόγονό του θα τον μεγάλωνε κρυφά στην πόλη. Ακόμα, έκρυψε κάτω από μεγάλο βράχο τα σανδάλια και το σπαθί του λέγοντας στην Αίθρα ότι όταν μεγαλώσει το παιδί του τόσο ώστε να μπορέσει να σηκώσει το βράχο, να το διέταζε να πάει στην Αθήνα και να του δείξει τα αντικείμενα. Στο μεταξύ, τη νύκτα που κοιμήθηκε με τον Αιγέα, η Αίθρα είδε σε όνειρο την Αθηνά, η οποία την καθοδήγησε να περάσει περπατώντας πάνω σε υφάλους στη νησίδα Σφαιρία, που είναι τόσο κοντά στην ακτή της Τροιζήνας, ώστε να μπορεί κάποιος να πάει σε αυτή με τα πόδια. Καθώς περπατούσε μέσα στη θάλασσα λέγεται ότι ο Ποσειδώνας τη γονιμοποίησε. Μετά λοιπόν από εννέα μήνες η Αίθρα γέννησε τον Θησέα πάνω στο δρόμο που πάει στο λιμάνι. Ο ήρωας επομένως είχε αβέβαιη πατρότητα, μοιρασμένη ανάμεσα στον Αθηναίο βασιλιά και στο θεό της θάλασσας.
Στο τέλος της εφηβείας του, ο Θησέας έμαθε από τη μητέρα του, Αίθρα, την καταγωγή του και μπόρεσε να σηκώσει το βράχο και να βρει τα πράγματα που είχε κρύψει ο Αιγέας. Αμέσως ξεκίνησε να πάει στην Αθήνα για να γνωρίσει τον πατέρα του, αλλά όχι με πλοίο όπως του συνέστησε η προσεκτική πριγκήπισσα. Θέλησε να πάει από την ξηρά, την οποία λυμαίνονταν διάφοροι ληστές, προκειμένου να μιμηθεί κατά κάποιο τρόπο τους άθλους του Ηρακλή, τον οποίο είχε ως πρότυπο, αλλά και να εκκαθαρίσει τον δρόμο ως την Αθήνα από τους εγκληματίες.
Πραγματικά, κοντά στην Επίδαυρο συνάντησε τον Περιφήτη, γνωστό και ως «Κορυνήτη» από το σιδερένιο ρόπαλο που χρησιμοποιούσε για να σκοτώνει τους διαβάτες. Ο Θησέας κατόρθωσε να του το αρπάξει και να τον σκοτώσει με αυτό. Στη συνέχεια, στον Ισθμό της Κορίνθου, συνάντησε τον Σίνη τον «Πιτυοκάμπτη» (= αυτόν που λυγίζει τα πεύκα) ο οποίος έσχιζε στα δύο τα θύματά του δένοντάς τα ανάμεσα σε δύο λυγισμένα πεύκα. Ο Θησέας τον θανάτωσε με τον ίδιο τρόπο. Στις Σκιρωνίδες Πέτρες, τη σημερινή Κακιά Σκάλα, αντιμετώπισε τον ομώνυμο ληστή, τον Σκίρωνα, που ανάγκαζε τους περαστικούς να του πλένουν τα πόδια, οπότε καθώς εκείνοι ήταν σκυμμένοι τους κλοτσούσε και τους έριχνε στο γκρεμό, όπου τους έτρωγε μία τεράστια χελώνα. Ο Θησέας τον έριξε στο γκρεμό. Προχωρώντας στην Ελευσίνα, ο ήρωας πάλεψε με τον Κερκύονα, που σκότωνε τους διαβάτες πνίγοντάς τους με ένα ισχυρό εναγκαλισμό, και τον θανάτωσε χτυπώντας το κεφάλι του στη γη. Τέλος, στον Κηφισό εξόντωσε και τον Πολυπήμονα, τον πατέρα του Σίνη, γνωστότερο ως «Προκρούστη» επειδή εξαπατούσε τους ταξιδιώτες και τους παρέσυρε στο σπίτι του, όπου τους εξάρθρωνε τα πόδια ή τους τα έκοβε με πριόνι για να τους «ταιριάξει» στο κρεβάτι του. Μετά από όλα αυτά, ο Θησέας δέχθηκε κάθαρση από τους γιους του Φυτάλου στα νερά του Κηφισού για τις δολοφονίες όλων των ληστών, ώστε να αντικρύσει για πρώτη φορά τον πατέρα του ως εξαγνισμένος ήρωας
